Esta asignatura aporta al perfil del Ingeniero en Agronomía, Ingeniero en Innovación Agrícola Sustentable e Ingeniero en Desarrollo Comunitario, conocimientos, habilidades y destrezas, que le permitan desarrollar el potencial productivo de las áreas agropecuarias y/o industriales a través del manejo adecuado de los microorganismos y sus metabolitos como agentes del establecimiento, conservación y regeneración de los agro ecosistemas. 
Dado que esta materia da soporte a otras, más directamente vinculadas con desempeños profesionales; se inserta en la primera mitad de la trayectoria escolar; Para la carrera de Ingeniero en Agronomía, después de Química, Biología Celular y Bioquímica y antes de, Edafología, Fitopatología, Agroecología, Higiene Pecuaria y Cultivos Energéticos, para la carrera de Ingeniero en Desarrollo Comunitario después de Química, Biología y Bioquímica antes de Edafología y Conservación de Suelos, Manejo y Conservación del agua y Biotecnología, finalmente para la carrera de Ingeniería en Innovación Agrícola Sustentable después de Química, Biología y Bioquímica y antes de Edafología, Fitopatología, Agroecología, e Inocuidad Alimentaria y Bioseguridad. 
La relación de la Microbiología con la materia de Edafología, es en el estudio de los Microorganismos, conservación y remediación de suelo, para todas estas carreras, de la misma forma se relaciona con la Fitopatología, donde se abordan las enfermedades causadas por Microorganismos, con la Biotecnología, en el uso de microorganismos en procesos biotecnológicos, con la Agroecología en la elaboración de composta y el tratamiento de aguas residuales, con la Higiene Pecuaria, para las practicas sanitarias y agentes patógenos, en Cultivos Energéticos en la producción de biocombustibles y el tratamiento de aguas y finalmente con la materia de Inocuidad Alimentaria y Bioseguridad, con las buenas prácticas de higiene y los procesos de bio-remediación, y tratamiento de aguas.