Los contenidos de la asignatura aportan al perfil de Ingeniero en Industrias alimentarias las herramientas para aplicar los conocimientos sobre la función química del agua,  biomoléculas y otros constituyentes directamente en procesos de transformación alimentarios y con aspectos nutricionales.  
El programa de Bioquímica de alimentos II, fortalece los conocimientos para el desarrollo de competencias aplicadas al control y manejo de los alimentos desde la recepción de materia prima, durante su proceso y su almacenamiento; de tal modo que conociendo las propiedades funcionales le permita regular los cambios deseados en un producto y evitar los no deseados.  
Esta asignatura consiste en relacionar las características bioquímicas y de funcionalidad química del agua, proteínas, carbohidratos, lípidos, vitaminas, minerales y pigmentos para controlar cambios en los alimentos. Esta asignatura aporta aspectos bioquímicos de los alimentos en la tecnología de conservación, microbiología de alimentos, análisis de alimentos, tecnología de frutas, hortalizas y confitería, biotecnología, tecnología de cárnicos, tecnología de lácteos, tecnología de cereales y oleaginosas, para analizar y controlar los procesos en la industria alimentaria.